En 1968, Werner Jeker touche une bourse d’études fédérale pour les arts appliqués et il fonde son propre atelier en 1972. Il est co-fondateur des studios de design graphique et industriel Les Ateliers du Nord à Lausanne, qui voit le jour en 1983.

Il crée des affiches pour le Théâtre Vidy-Lausanne, Musée des Arts Décoratifs (actuellement MUDAC), le Musée de l’Elysée, la Fondation suisse pour la photographie et la Cinémathèque suisse. Pour Magnum Photos, les éditions Phaidon, Actes Sud et le Musée d’ethnographie de Genève, il réalise aussi des livres, des identités visuelles et la scénographie d’expositions. Il assure par ailleurs la direction artistique de la communication de Weimar’99, ville européenne de la culture (aujourd’hui capitale européenne de la culture) pour l’année 1999 et conçoit et réalise le pavillon « Signal douleur » pour l’Expo.02, Exposition nationale suisse de 2002.Selon la maxime « Sois toi-même et garde les yeux grand ouverts », il dirige le département de design graphique de l’École cantonale des beaux-arts et d’art appliqué de Lausanne (l’actuelle ECAL), de 1974 à 1986. Entre 1995 et 1997, il enseigne à l’Université des arts et du design de Karlsruhe. De 1997 à 1998, il est professeur à l’École nationale supérieure des arts décoratifs à Paris et de 2003 à 2007, co-responsable de la filière communication visuelle à la Hochschule der Künste à Berne.

Photographie et typographie, noir et blanc, un recours succinct à la couleur, une composition quasi-filmique: tels sont les principaux ingrédients d’une rhétorique visuelle originale, aboutissement d’un travail de création mû par la curiosité. En 1988, il est récompensé par l’International Center of Photography à New York et en 1989, il décroche le premier prix pour une nouvelle série de billets de banque suisses. Un nombre important des affiches qu’il a conçues ont été primées par le département fédéral de l’intérieur et sont aujourd’hui exposées dans des collections accessibles au public, notamment au Museum of Modern Art à New York.