Werner Jeker erhält 1968 das Eidgenössische Stipendium für Angewandte Kunst, gründet 1972 sein eigenes Atelier und ist 1983 Mitbegründer des Grafik- und Industriedesign-Studios Les Ateliers du Nord in Lausanne. Er entwirft Plakate für das Théâtre Vidy-Lausanne, das Musée des Arts Décoratifs (heute MUDAC), das Musée de l’Elysée, die Schweizerische Stiftung für die Photographie und die Cinémathèque suisse in Lausanne. Für Magnum Photos, Phaidon Press in London, den Verlag Actes Sud und das Musée d’ethnographie de Genève, gestaltet aber auch Bücher, visuelle Erscheinungsbilder und Ausstellungen. Ausserdem ist er künstlerischer Leiter der Kommunikation für Weimar’99, die Kulturstadt (heute Kulturhauptstadt) Europas des Jahres 1999, und entwickelt den Pavillon «Signal Schmerz» für die Expo.02. Unter der Maxime «Sei du selbst und halte die Augen weit offen» leitet er von 1974 bis 1986 die Abteilung Grafikdesign an der École cantonale des beaux-arts et d’art appliqué in Lausanne (heute ECAL).

Von 1995 bis 1997 lehrt er an der Staatlichen Hochschule für Gestaltung Karlsruhe. 1997 bis 1998 ist er Professor an der École nationale supérieure des arts décoratifs in Paris und von 2003 bis 2007 Mitverantwortlicher der Abteilung Visuelle Kommunikation an der Hochschule der Künste Bern. Fotografie und Typografie, schwarzweiss, mit pointiertem Farbeinsatz, filmisch komponiert – dies sind die Elemente einer eigenwilligen visuellen Rhetorik, Resultat seines forschenden Entwerfens. 1988 erhält Werner Jeker eine Auszeichnung des International Center of Photography in New York, 1989 den ersten Preis für eine neue Serie Schweizer Banknoten. Eine Vielzahl seiner Plakate werden vom Eidgenössischen Departement des Innern prämiert und sind Teil öffentlicher Sammlungen wie des Museum of Modern Art in New York.