Nel 1968 Werner Jeker ottiene la borsa di studio federale per le arti applicate, nel 1972 fonda il proprio studio e nel 1983 è cofondatore dello studio di grafica e design industriale Les Ateliers du Nord a Losanna. Progetta manifesti per il Théâtre Vidy-Lausanne, il Musée des Arts Décoratifs (oggi MUDAC), il Musée de l’Elysée, la Fondazione svizzera per la fotografia e la Cinémathèque suisse di Losanna. Per Magnum Photos, Phaidon Press a Londra, la casa editrice Actes Sud e il Musée d'ethnographie de Genève, progetta anche libri, immagini visive e mostre. È inoltre direttore artistico della comunicazione per Weimar'99, città della cultura (oggi capitale della cultura) europea dell'anno 1999, e sviluppa il padiglione «Signal Schmerz» per l'Expo.02. All'insegna del motto «Sii te stesso e tieni gli occhi ben aperti», dal 1974 al 1986 dirige il dipartimento di graphic design dell'École cantonale des beaux-arts et d'art appliqué di Losanna (oggi ECAL).

Dal 1995 al 1997 insegna alla Staatliche Hochschule für Gestaltung di Karlsruhe. Dal 1997 al 1998 è professore all'École nationale supérieure des arts décoratifs di Parigi e dal 2003 al 2007 è co-responsabile del dipartimento di comunicazione visiva dell'Università delle Arti di Berna. Fotografia e tipografia, bianco e nero, uso mirato del colore, composizione cinematografica: questi sono gli elementi di una retorica visiva originale, risultato della sua ricerca creativa. Nel 1988 Werner Jeker riceve un riconoscimento dall' International Center of Photography di New York e nel 1989 il primo premio per una nuova serie di banconote svizzere. Molti dei suoi manifesti sono stati premiati dal Dipartimento federale dell'interno e fanno parte di collezioni pubbliche come quella del Museum of Modern Art di New York.